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| FAQs>艾德课堂 |
| 002.表观遗传学分子生物学软件——DNA甲基化分析工具 |
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| 第一类：基于引物设计功能的软件。此类软件主要是针对重亚硫酸盐序列进行甲基化特异性PCR（methylation-specific PCR, MS-PCR or MSP）和重亚硫酸盐测序（bisulfite sequencing, BS）引物的设计。由于重亚酸盐修饰的特殊性，使常规的分子生物学软件，如Primer Premier、Oligo、DNASis、DNA Max、Vecter NTI Suit等均无法适用于MSP和BS引物的设计。国外的研究者根据MSP和BS的特殊性，分别提供了多种免费或付费的专业软件，其中，某些软件，如MethPrimer已被国内外研究者广泛使用。
软件：MethPrimer
主页：http://www.urogene.org/methprimer
简介：设计甲基化特异性PCR（methylation-specific PCR, MS-PCR or MSP）和重亚硫酸盐测序（bisulfite sequencing）引物的最早和最经典的软件，也是一款免费软件，它广受表观遗传学研究者的喜爱，也是DNA甲基化研究者使用最频繁的一款表观遗传学DNA甲基化研究工具软件。就本人及同事的使用经验而言，该软件所设计的引物扩增效率和特异性均非常好，不过，在实际应用中，如果能配合Primer Premier软件对引物的Tm值进行适当的调整或修改，可进一步提高PCR的扩增效率。此外，此款软件在进行引物设计的过程中，会自动对待分析序列的CpG岛进行分析，它所得到的结果与其它几款CpG岛专业分析软件（见下）一致。当然，如果用户只想对CpG岛的分析和密度进行分析时，可选择其它CpG岛专业分析软件。
文献：Li LC, Dahiya R. MethPrimer: designing primers for methylation PCRs. Bioinformatics. 2002 Nov;18(11):1427-31.
评级：★★★★★
软件：BiSearch
主页：http://bisearch.enzim.hu/
简介：与MethPrimer类似的专用于重亚硫酸盐修饰序列相关PCR或测序引物设计的。要使用其功能，需要在其网站注册后使用。由于本人并不是很了解该软件，且并未将其与MethPrimer进行比较过，因此，其功能如何，尚不能断言。
文献：Tusnady GE, Simon I, Varadi A, Aranyi T. BiSearch: primer-design and search tool for PCR on bisulfite-treated genomes. Nucleic Acids Res. 2005 Jan 13;33(1):e9 (PMID: 15653630)
推荐：★★★★★
软件：BioToolKit300 - Primo MSP 3.4
主页：http://www.changbioscience.com/
简介：BioToolKit300是一款基于Java语言的分子生物学软件，支持Windows NT / XP和Mac OSX等操作系统，其试用版仅有60天试用期。该软件是集各种常用分子生物学应用工具之大全的工具软件，十分的实用。Primo MSP 3.4是内嵌于BioToolKit300中的MS-PCR和重亚硫酸盐测序引物设计软件。如果设计标准的PCR引物，则使用BioToolKit300中的Primo Pro 3.4即可。
论坛上相关贴子的地址：http://bbs.bioon.com/dispbbs.asp?BoardID=25&ID=130360
文献：暂缺
推荐：★★★☆☆
软件：CpG Ware
主页：https://apps.serologicals.com/cpgware/
简介：是一款类似于MethPrimer的MS-PCR和重亚硫酸盐测序引物设计的软件。不过，需要付费使用（关于此点，本人并不是很确定）
文献：暂缺
推荐：★★★☆☆
第二类：CpG岛序列分析软件。此类软件根据一定的规则对基因组DNA序列的CpG岛进行预测。CpG岛的准确预测是进行MSP和BS引物设计的基础。不过，在第一类软件中往往也包括了CpG岛的分析与预测功能。
软件：CpGPlot/CpGReport/Isochore
主页：http://www.ebi.ac.uk/emboss/cpgplot/
简介：由欧洲EBI网站提供的基因组DNA序列CpG岛分析软件，单凭EBI的名气，想必大家对其功能平添几分信任度吧？
文献：暂缺
推荐：★★★★★
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