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甲基化芯片数据分析

 

    为了消除实验的误差、生物样品个体差异及噪声等产生的影响，将数据进行归一化处理。
  如果该芯片中的探针注释并非由基因组序列设计产生，而是由实验克隆测序直接生成序列，在向基因组BLAST比对的时候，有时会没有对应。需要对其进行重新注释，获得探针的基因组序列。
  我们将原有的基因列表进行了重新注释，原有的注释一般只提供了CpG岛位于哪个基因之内，即within, 实际上一个启动子的范围要大得多，因此我们加入了一些CpG岛上游（upstream）和下游基因(downstream)的注释。
差异CpG岛的筛选
 
           
   扫描CpG岛区域的转录因子结合位点。因为一般情况下甲基化会使转录因子与DNA的结合力下降，导致基因转录水平的降低。因此转录因子的分析可以解释甲基化导致转录抑制的机理。
 
n 甲基化显著基因的Gene Ontology分析

 

 

 
利用NLP技术发现的p53的基因关联网络（局部）

 

 
 
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